ストーリーは下記のとおり。(「任天堂オフィシャルサイト」より)

『いくつかの国が割拠する大陸テリウス。　その国々の国境近くに、とある傭兵団が本拠地を構えていた。　あるとき、傭兵団の一員アイクは、追われていた女性を助ける。彼女はアイクのいるクリミア王国の王女。クリミア王国が、デイン王国に攻め込まれたため、友好国であるガリア王国へと落ち延びる途中なのだという。　アイクたち傭兵団は雇われ、彼女を護衛しつつデイン王国の追っ手を阻むこととなった。　そうして彼らが到達したガリア王国は、獣に近い姿をした人々が暮らす国。そのガリア王国は、王女を迎え、クリミア王国を助けるために、デイン王国との戦端を開いた。　これをきっかけに、大陸テリウスに起こった戦いは、大陸全土を巻き込む大戦乱となっていく――。』

＜「ファイアーエムブレム 蒼炎の軌跡(仮)」紹介ページ＞
http://www.nintendo.co.jp/n08/ae7j/sinsaku/index.html