今作では新システムを採用し、大幅にリニューアルされている。軍団を編成し、軍団単位で部隊を運用することが出来る。軍団には軍団長を配置することができ、また、部下も設置することが可能。

コマンドコストシステムも採用され、各コマンド、作戦をするにはコストが決められており、そのコストの用い方で戦争を有利に運ぶことが可能。

さらに、作戦システムも大幅に変更。単に拠点を攻めるなどではなく、攻める方法を選択できるようになった。

新たにモビルスーツやキャラクターも参戦され、さらに進化したガンダムが楽しめる。